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Este artículo demuestra que, a pesar de la enorme diversidad de topologías posibles, todas las redes génicas capaces de generar patrones espaciales mediante señalización extracelular se reducen a solo tres clases fundamentales y sus combinaciones, las cuales comparten principios lógicos y dinámicos similares.
Mediante un enfoque de aprendizaje automático aplicado a datos de secuenciación de ARN de núcleos individuales, este estudio identifica a la microglía y los astrocitos como las células clave para clasificar la enfermedad de Alzheimer y establece a la proteína PTPRG en microglía como un centro transcripcional fundamental que integra señales neuronales y desregulación inflamatoria en la patología de la enfermedad.
Este estudio demuestra que los genes que vinculan la plasticidad del reloj circadiano y del comportamiento en hormigas están ampliamente conservados, al revelar una superposición significativa entre los genes rítmicos y aquellos asociados a la plasticidad conductual tanto en la hormiga cosechadora *Pogonomyrmex barbatus* como en la carpintera *Camponotus floridanus*.
Este trabajo presenta un enfoque de modelado de efectos mixtos no lineales con un esquema de estimación de parámetros adaptado que integra exitosamente datos de células individuales y poblaciones, mejorando la identificabilidad de parámetros y la precisión predictiva en procesos biológicos complejos como la apoptosis extrínseca.
Este artículo presenta la Máquina de Boltzmann estocástica (sBM), una nueva estrategia de regularización que mejora la inferencia de modelos generativos de proteínas al capturar con mayor precisión las correlaciones multiescala, permitiendo así generar secuencias funcionales y diversas sin necesidad de correcciones posteriores.
Mediante simulaciones de dinámica molecular, este estudio revela que el sitio CAR del ribosoma interactúa estructural y funcionalmente con el sitio A mediante modulaciones dependientes de la secuencia de puentes de hidrógeno y apilamiento π, lo que sugiere un mecanismo para la sintonización específica de la secuencia de mRNA durante la elongación de la traducción.
Este estudio demuestra que la memoria hipóxica dependiente del tiempo, caracterizada por cambios transcripcionales y epigenéticos que persisten tras la reoxigenación, impulsa la invasión tumoral al enriquecer la densidad celular en el frente del tumor, reducir la sensibilidad a las fluctuaciones de oxígeno y aumentar la difusión efectiva de las células cancerosas.
Este estudio utiliza datos del UK Biobank para desarrollar una métrica de "edad de capacidad intrínseca" basada en 63 características clínicas que estima el riesgo de mortalidad por dominio funcional y revela la activación inmunitaria como un marcador proteómico clave para el monitoreo escalable del deterioro de la salud funcional.
El artículo presenta UQ-PhysiCell, un marco de trabajo Python de código abierto y extensible diseñado para facilitar la cuantificación de incertidumbre, la calibración y la selección de modelos en simulaciones de PhysiCell mediante la orquestación automatizada de ensayos escalables y la integración con bibliotecas estadísticas avanzadas.
Este estudio demuestra que la combinación de perfiles proteómicos del kinoma con modelos de aprendizaje automático permite predecir la cardiotoxicidad de los inhibidores de quinasas y revelar mecanismos subyacentes, como la inhibición de dianas off-target, para guiar el diseño de fármacos más seguros.
Este artículo presenta un marco de trabajo asistido por inteligencia artificial que integra modelos de lenguaje grandes con modelado QSP basado en SBML para automatizar la reconstrucción, extensión y calibración de modelos mecanísticos, demostrando su eficacia en la optimización de terapias CAR-T mediante un flujo de trabajo transparente y alineado con principios regulatorios.
Este estudio integra análisis transcriptómicos y farmacología de redes para identificar a CD44 como un nodo clave en la patogénesis del SOP y propone candidatos terapéuticos como flufenamato de ácido y citosporona B mediante un marco computacional.
Este estudio utiliza análisis transcriptómico de sangre para revelar que la aclimatación al calor en cerdos implica una respuesta dinámica y biphasica, caracterizada por una activación temprana de mecanismos inmunitarios y de estrés (HSP) seguida de adaptaciones metabólicas a largo plazo que regulan la oxidación de ácidos grasos y la síntesis de ATP para mantener la homeotermia.
Este estudio establece un marco analítico unificado que demuestra cómo la topología de las redes de regulación génica y un parámetro adimensional clave determinan tanto la transición temporal de estados celulares como la formación de patrones espaciales estables mediante la difusión.
Este estudio presenta un modelo estocástico que demuestra cómo los retrasos de activación proteica dependientes del estado y la retroalimentación negativa reducen la variabilidad en la expresión génica, proporcionando expresiones analíticas y simulaciones que validan estos mecanismos de estabilización celular.
Este trabajo establece un modelo de competencia de recursos que cuantifica el costo de aptitud de la expresión génica en *Saccharomyces cerevisiae* al demostrar que la competencia por ribosomas y factores de transcripción, y no los productos génicos, son los principales determinantes de dicho costo, proporcionando así un marco sistemático para optimizar el diseño genético en biología sintética.
Este estudio utiliza un modelo computacional para demostrar que los animales cuadrúpedos emplean estrategias de giro asimétricas específicas según la velocidad (flexión corporal a bajas velocidades, aplicación de fuerza lateral a velocidades medias y desplazamiento lateral a altas velocidades), con las extremidades delanteras jugando un papel primordial en la dirección y las traseras en la estabilidad.
Este estudio presenta DIGEST, una plataforma de inmunoensayo digital ultrasensible capaz de cuantificar citocinas fecales a niveles atomolares, lo que permite rastrear dinámicas inmunitarias en tiempo real y distinguir estados de enfermedad o respuesta terapéutica en pacientes con enfermedades inflamatorias intestinales y melanoma.
Mediante un enfoque multi-ómico, este estudio identifica a PAGE4 como un efector central en la patogénesis de los leiomiomas uterinos con mutación en MED12, donde su hiperfosforilación por la quinasa HIPK2 actúa como un interruptor molecular que reestructura su interactoma para impulsar la maquinaria transcripcional y ofrecer un nuevo objetivo terapéutico.
Este artículo presenta sRQA, una biblioteca de código abierto en R que unifica el análisis de recurrencia cuantitativa simbólica para caracterizar sistemas dinámicos discretos y discretizados, demostrando su eficacia en aplicaciones biomédicas y conductuales como la detección de arritmias cardíacas, el análisis de redes cerebrales y el estudio de patrones de habla.